OKRES WOJNY I OKUPACJI 1939-1945
Działania wojenne we wrześniu 1939 roku spowodowały spore zniszczenia infrastruktury na terenie Warszawy. Kilka wagonów silnikowych oraz doczepnych użyto do budowy barykad u zbiegu ulic Marszałkowskiej i Nowogrodzkiej oraz w rejonie Szczęśliwic, w czym pomagali również pracownicy EKD.
Zatrudnieni w EKD znaleźli się licznie wśród obrońców stolicy, biorąc udział w walkach na jej przedpolach na linii Ochota – Wola. Ogromny zapał i ofiarność pracowników EKD umożliwiła przywrócenie kursowania pociągów na całej trasie do centrum Warszawy już w początkach listopada 1939 roku.
Od pierwszych miesięcy okupacji znacznie wzrosła liczba pasażerów przewożonych na linii EKD, co było skutkiem wprowadzonych z przyczyn wojskowych ograniczeń w ruchu pociągów na warszawskim węźle kolejowym. Ponadto wielu mieszkańców Warszawy, w obawie przed bombardowaniami czy też ograniczeniami wprowadzonymi w stolicy, przeniosło się na tereny podmiejskie, w większości położone właśnie wzdłuż linii EKD. Liczba przewiezionych pasażerów wzrosła z 4,23 mln w 1939 roku do 7,25 mln w 1940 roku.
Władze okupacyjne wyznaczyły w przedsiębiorstwie przymusowego zarządcę z kolei niemieckich, jednakże kierownictwo wykonawcze pozostało w rękach polskich. Umożliwiło to m.in. dodatkowe „nieoficjalne” zatrudnianie wielu ukrywających się osób. Struktura organizacyjna zakładu pozwalała zatrudnić ponad 3 razy więcej osób niż wynikałoby to z faktycznego zapotrzebowania. Umundurowanie kolejarskie chroniło przed zatrzymaniami i wywózką np. na roboty przymusowe. Personel EKD starał się również chronić przewożonych pociągami pasażerów, ostrzegając przed rewizjami bądź łapankami.
Niemal od początku okupacji na EKD zaczęły powstawać komórki organizacyjne ośrodków ruchu oporu, spośród których największe znaczenie odgrywał oddział Armii Krajowej. Najważniejszymi operacjami, jakie prowadzono były: przerzut broni, wywiad i kontrwywiad.
Stacja „Podkowa Leśna Główna” w okresie szczytu przewozowego, lata okupacji podczas II wojny światowej. Wagony doczepne EKD otrzymały numerację od 501 wzwyż.
Uszkodzony w czasie walk o Warszawę we wrześniu 1939 r. wagon silnikowy nr 17.
Stacja początkowa linii EKD przy ul. Nowogrodzkiej w Warszawie w czasie okupacji, początek lat 40-tych XX w. Tłumy osób przewijających się codziennie przez linię EKD były m.in. rezultatem wprowadzenia przez władze okupacyjne znacznych ograniczeń na liniach PKP. Lata 1941-1942 to okres, w którym pociągi EKD przewiozły ponad 10 mln pasażerów rocznie.
W 1942 roku nowy okupacyjny zarządca kolei dojazdowych w Warszawie po zapoznaniu się ze stanem technicznym, taborem, zapleczem i metodami pracy obowiązującymi w poszczególnych przedsiębiorstwach, zaczął wprowadzać usprawnienia, typowe dla niemieckiego systemu gospodarowania. Interesującą innowacją było rozpoczęcie wydawania z dniem 21 stycznia 1943 roku „Dziennika Służbowego”, w którym można było znaleźć bieżące informacje o przewozach na danej linii. Tereny wszystkich przystanków i stacji kolejek dojazdowych (również na linii EKD) ogrodzono, pozostawiając dla pasażerów tylko jedno wejście. Niektóre punkty odprawy podróżnych były obsadzone przez kontrolerów biletów, którzy nie tylko sprawdzali wchodzących na perony, ale także odbierali wychodzącym wykorzystane bilety.
W czasie działań wojennych nie zaniedbano spraw związanych z rozbudową zaplecza technicznego. Główna hala przeglądowa dla taboru, zbudowana w latach 20., musiała zostać przystosowana do zwiększającego się z roku na rok zakresu napraw wagonów. Do stopniowej rozbudowy zaplecza przystąpiono na przełomie 1940 i 1941 roku. Po wschodniej stronie hali dobudowano spawalnię i kompletne zaplecze sanitarne, przebudowano zaś stolarnię i lakiernię. Rozbudowa zaplecza umożliwiła wprowadzenie pełnego cyklu naprawczego dla taboru, wykonywanego przez wyspecjalizowane stanowiska – od przeglądów codziennych przez naprawy średnie po remonty generalne.
Istotną kartą w historii EKD był okres Powstania Warszawskiego. 1 sierpnia 1944 roku tuż przed godz. 17 łączność ze stolicą przerwano, a ruch ograniczono tylko do Podkowy Leśnej. Pomimo trwających walk do Śródmieścia podesłano w godzinach nocnych specjalny pociąg, aby mógł zabrać pasażerów i pracowników EKD, którzy znaleźli schronienie w kolejowej poczekalni. Podczas akcji masowego wywożenia mieszkańców Warszawy – z wykorzystaniem pociągów EKD – do Obozu Przejściowego (Dulag 121) na terenie Warsztatów Kolejowych w Pruszkowie udało się ocalić sporą grupę osób, podstawiając na przystanku w Tworkach składy „manewrowe”.
Pod koniec 1944 roku wojska okupacyjne rozpoczęły systematyczne niszczenie urządzeń i wyposażenia linii EKD. Przygotowano się do wysadzenia całej nawierzchni linii. Dzięki ofiarnej postawie załogi EKD sabotującej akcję poprzez ukrywanie wielu elementów wyposażenia czy też demontaż słupów oraz taboru pod pozorem naprawy, Niemcy zdołali wywieźć tylko niewielką część majątku. Kompleksowe zniszczenie linii nie nastąpiło z uwagi na szybki odwrót wojsk niemieckich przed zbliżającą się ofensywą ze wschodu. Nie udało się ocalić elektrowni w Pruszkowie, która została wysadzona 16 stycznia 1945 roku. W przeddzień wyzwolenia stolicy ruch pociągów został całkowicie wstrzymany.
Stacja „Komorów” w czasie okupacji. Linia EKD cieszyła się wówczas ogromną popularnością wśród mieszkańców nie tylko bliższych, ale i dalszych okolic, odwrotnie proporcjonalną do zainteresowania wojsk niemieckich, które sporadycznie zapuszczały się na te tereny. Umożliwiło to rozwinięcie na szeroką skalę działań konspiracyjnych ruchu oporu.
Końcowy przystanek linii EKD w podwarszawskich wówczas Włochach. Władze okupacyjne wprowadziły limitowany dostęp do przystanków i stacji kolejowych, ograniczony wyłącznie dla posiadaczy ważnych biletów, którzy każdorazowo byli poddawani kontrolom.