Sieć linii Warszawskiej Kolei Dojazdowej jest zlokalizowana w południowo-zachodnim paśmie osadniczym aglomeracji warszawskiej. Przebiega przez obszar trzech powiatów: m.st. Warszawy, pruszkowskiego i grodziskiego, w tym 2 dzielnic m.st. Warszawy oraz 6 gmin: Warszawa Ochota, Warszawa Włochy, Michałowice, Pruszków, Brwinów, Podkowa Leśna, Milanówek i Grodzisk Mazowiecki.

W skład linii zarządzanych przez Warszawską Kolej Dojazdową wchodzą trzy linie kolejowe:

1. Linia nr 47: Warszawa Śródmieście WKD – Grodzisk Mazowiecki Radońska. Linia składa się z dwutorowego odcinka Warszawa Śródmieście WKD – Podkowa Leśna Główna o długości 25,070 km i jednotorowego odcinka Podkowa Leśna Główna – Grodzisk Mazowiecki Radońska o długości 7,544 km. Długość całkowita linii nr 47 wynosi 32,614 km.
2. Linia nr 48: Podkowa Leśna Główna – Milanówek Grudów. Linia składa się odcinka jednotorowego o długości 2,896 km.
3. Linia nr 512: Pruszków – Komorów. Linia stanowi jednotorową łącznicę technologiczną linii WKD z siecią kolejową zarządzaną przez PKP PLK S.A. Całkowita długość linii wynosi 3,165 km.

Linie Warszawskiej Kolei Dojazdowej są całkowicie wyodrębnione od ogólnopolskiej sieci kolejowej. Jedyne połączenie z tą siecią zapewnia linia kolejowa nr 512.

Minimalne promienie na łukach wynoszą:

1. 298 [m] na linii nr 47 (Warszawa Śródmieście WKD – Grodzisk Maz. Radońska)
2. 197 [m] na linii nr 48 (Podkowa Leśna Główna – Milanówek Grudów)
3. 175 [m] na linii nr 512 (Komorów – Pruszków)
4. 22 [m] na terenie zakładu eksploatacji w Grodzisku Mazowieckim

Wzdłuż linii WKD zlokalizowanych jest:

1. 28 stacji i przystanków osobowych (w tym 4 stacje) wyposażonych w perony o nawierzchni z kostki brukowej, płyt betonowych oraz nawierzchni asfaltowej, wiaty, oświetlenie i częściowo nagłośnienie oraz system monitoringu. Średnia odległość pomiędzy przystankami na trasie wynosi 1250 m.
2. 45 przejazdów kolejowych  w tym 4 kategorii B (wyposażonych w półrogatki i sygnalizatory ostrzegawcze), 4 kategorii C (wyposażonych w sygnalizatory ostrzegawcze), 29 kategorii D (wyposażonych jedynie w oznakowanie pionowe), 5 kategorii E (wyposażonych jedynie w oznakowanie pionowe), 3 kategorii F (wyposażonych jedynie w oznakowanie pionowe).
3. 4 stacje techniczne umożliwiające manewry i zmianę kierunku jazdy taboru: Warszawa Śródmieście WKD, Komorów, Podkowa Leśna Główna, Grodzisk Mazowiecki Radońska.

Tory na liniach WKD wykonane są w 80% z szyn bezstykowych typu S49 ułożonych na podkładach strunobetonowych typu PS83 z przymocowaniem sprężystym typu SB (infrastruktura torowa w przeważającej części zmodernizowana w ramach wykonanej kompleksowej naprawy w latach 2015-2016 na szlaku Warszawa Śródmieście WKD – Komorów: tory nr 1 i 2, Komorów - Podkowa Leśna Główna: tor nr 1, Podkowa Leśna Główna - Milanówek Grudów: tor nr 1M).

Warszawska Kolej Dojazdowa posiada dwa wyspecjalizowane zaplecza utrzymania zarządzanym majątkiem:

1. Zaplecze przeglądowo-techniczne utrzymania taboru kolejowego – zlokalizowane na terenie, na którym mieści się siedziba Spółki w Grodzisku Mazowieckim, przy ul. Batorego 23, w sąsiedztwie końcowej stacji Grodzisk Mazowiecki Radońska. Zaplecze to umożliwia wykonywanie we własnym zakresie przeglądów okresowych (poziomy utrzymania P1, P2 i P3) oraz napraw rewizyjnych (poziom utrzymania P4) eksploatowanego taboru kolejowego, realizację napraw awaryjnych i powypadkowych w sposób gwarantujący zapewnienie odpowiedniej sprawności i bezpieczeństwa zgodnie z wymaganiami obowiązujących Dokumentacji Systemu Utrzymania (DSU) oraz przepisów kolejowych.
   
   
2. Zaplecze techniczne utrzymania infrastruktury kolejowej – zlokalizowane w sąsiedztwie stacji Komorów (gmina Michałowice). Zaplecze to umożliwia wykonywanie wszystkich obowiązków związanych z realizacją funkcji zarządcy infrastruktury kolejowej, w tym m.in.: z zakresu utrzymania nawierzchni i drogi kolejowej, sieci trakcyjnej i zasilania elektroenergetycznego, urządzeń sterowania ruchem kolejowym, wewnętrznej sieci telekomunikacyjnej.

Sieć linii WKD poza linią nr 512 Pruszków – Komorów jest całkowicie zelektryfikowana. Spośród 38,9 km zelektryfikowanych jest 35,3 km linii (91 %), przy czym linie użytkowane dla celów regularnego ruchu pasażerskiego zelektryfikowane są w 100%.

Na linii zainstalowana jest sieć trakcyjna łańcuchowa różnych typów z przewodami miedzianymi o przekrojach 170, 195, 220, 270, 295, 320 i 340 mm².

Aktualnie sieć trakcyjna jest zasilana prądem stałym o napięciu 3000V z trzech podstacji trakcyjnych oraz jednej kabiny sekcyjnej rozmieszczonych wzdłuż linii w następującej kolejności (licząc od Warszawy):

1. Warszawa Zachodnia
2. Pruszków
3. Podkowa Leśna Zachodnia (kabina sekcyjna)
4. Grodzisk (Radońska)

Odległość pomiędzy podstacjami trakcyjnymi dla układu zasilania napięciem 3000V wynosi ok. 15 km.

Podstacja trakcyjna „Warszawa Zachodnia” jest własnością spółki PKP Energetyka S.A. – Zakład Mazowiecki. Właścicielem pozostałych obiektów jest Warszawska Kolej Dojazdowa sp. z o.o.

Prąd o napięciu o wartości 3000V zasila sieć trakcyjną linii WKD od dnia 28.05.2016. Do dnia 27.05.2016 włącznie sieć trakcyjna była zasilana prądem stałym o wartości 600V z 7 podstacji trakcyjnych i jednej kabiny sekcyjnej.

System sterowania na linii WKD jest następujący:

1. samoczynna blokada liniowa dwustawna typu E (wyświetlane dwa rodzaje sygnałów) – na odcinku Warszawa Śródmieście WKD – Podkowa Leśna Główna (odcinek dwutorowy)
2. półsamoczynna blokada dwukierunkowa – na odcinku Podkowa Leśna Główna – Grodzisk Maz. Radońska (odcinek jednotorowy)
3. przeciwwtórność liniowa – na odcinku Podkowa Leśna Główna – Milanówek Grudów (odcinek jednotorowy)

Na linii funkcjonuje zdalne centrum sterowania w Komorowie oraz 4 lokalne centra sterowania przystosowane do sterowania ręcznego (na wszystkich stacjach).

Wszystkie 23 napędy zwrotnicowe na linii posiadają sterowanie elektryczne z automatycznym ogrzewaniem.

Średnie czasy przejazdu dla odcinków pomiędzy poszczególnymi przystankami i stacjami na liniach WKD przedstawiono w poniższej tabeli.

Tabela: Średnie czasy przejazdu dla podstawowych połączeń kolejowych na liniach WKD pomiędzy stacjami, na których odbywa się zmiana kierunku ruchu pociągów