Wszystko wiązało się z wykupem terenów pod inwestycję od dotychczasowych właścicieli, którzy zdając sobie sprawę, że nowe połączenie podniesie wartość gruntów z różnym entuzjazmem podchodzili do transakcji. Jedni sprzedawali ziemię po zwykłych lub symbolicznych cenach bądź przekazywali za darmo, inni natomiast starali się uzyskać stawki przewyższające rzeczywistą wartość działek bądź w zamian za ziemię usiłowali uzyskać własne korzyści (np. budowa prywatnej bocznicy).
Całkowitym niepowodzeniem zakończyły się pertraktacje dotyczące równoległego projektu związanego z budową linii, jakim miało być stworzenie w pobliżu Warszawy miasta-ogrodu według założeń Ebenezera Howarda. Do realizacji tej koncepcji doskonale nadawały się Lasy Młochowskie należące do księżnej Magdaleny Radziwiłłowej. Brak zgody spowodował podjęcie rozmów ze Stanisławem Lilpopem, właścicielem majątku ziemskiego w Podkowie Leśnej. Negocjacje doprowadziły do zawiązania spółki przez Bank Związku Spółek Zarobkowych, „Siłę i Światło” oraz Stanisława Lilpopa, która następnie przejęła ok. 522 mórg z zamiarem stworzenia na tym terenie osiedla „Miasto-Ogród Podkowa Leśna”. Dodatkowo w odrębnym dokumencie Stanisław Lilpop przekazał na własność EKD S.A. (które przystąpiły do powyższej spółki w późniejszym terminie) – bez żadnej dopłaty – pas ziemi o pow. 7 ha i 4836 m2, ciągnący się od folwarku Klementynów do wsi Owczarnia, na budowę stacji Podkowa Leśna.
Prace wstępne przy wytyczaniu linii rozpoczęły się w 1925 roku. Budowa – poprzedzona zgodą warszawskiej rady miejskiej z 11 lutego 1926 roku – ruszyła w maju 1926 roku, jeszcze przed zakończeniem wszystkich pertraktacji związanych z wykupami ziemi. Elektryczne Koleje Dojazdowe stanęły wówczas przed pionierskim zadaniem budowy pierwszej na ziemiach polskich elektrycznej kolei przeznaczonej do masowego, pasażerskiego ruchu podmiejskiego. Wymagało to nie tylko właściwego ustalenia i doboru podstawowych parametrów technicznych, lecz także stworzenia odpowiednich metod eksploatacji linii oraz przygotowania fachowego personelu i zaplecza. W tej dziedzinie niezwykle pomocne okazały się doświadczenia z eksploatacji tramwajów elektrycznych w Warszawie. Przyjęto założenie, że podmiotem ma być pasażer – człowiek pracy dojeżdżający do Warszawy. Aby skrócić czas dojazdu i uniknąć przesiadek, linię EKD wprowadzono systemem tramwajowym do samego centrum miasta (ul. Nowogrodzka).
Na główny punkt dyspozycyjny wybrano Komorów, zlokalizowany w połowie odległości między Warszawą i Grodziskiem Mazowieckim. Został on połączony bocznicą kolejową ze stacją PKP w Pruszkowie celem dostawy materiałów niezbędnych do budowy linii. Budowę linii rozpoczęto w Komorowie i prowadzono jednocześnie w dwóch kierunkach docelowych: Warszawy oraz Grodziska Mazowieckiego. W związku z planowaną rozbudową linii m.in. w kierunku Żyrardowa, Błonia i Mszczonowa lokomotywownię i warsztaty zaplecza technicznego usytuowano w Grodzisku Mazowieckim. W Warszawie punkt początkowy zlokalizowano na ul. Nowogrodzkiej tuż przy skrzyżowaniu z ul. Marszałkowską.
Od Warszawy do Podkowy Leśnej linię zbudowano jako dwutorową (długości ok. 25 km), natomiast pozostały odcinek do Grodziska Mazowieckiego (ok. 7 km) posiadał tylko jeden tor, mimo że budowniczowie planowali w późniejszym okresie dobudowanie drugiej nitki, rezerwując na ten cel niezbędny pas terenu. Ogólnie długość całej linii wyniosła 32 km. Na terenie Warszawy linię poprowadzono systemem tramwajowym, montując sieć płaską na słupach żelaznych. Od ul. Opaczewskiej w kierunku Grodziska Mazowieckiego zamontowano sieć trakcyjną łańcuchową na bramkach ze słupów drewnianych impregnowanych. Do zasilania sieci trakcyjnej zastosowano prąd stały o napięciu 650V. Energię elektryczną doprowadzano z Elektrowni Okręgowej w Pruszkowie (stanowiącej własność spółki „Siła i Światło”) do podstacji w Pruszkowie, zaś stamtąd linią napowietrzną do podstacji trakcyjnych w Kazimierówce i Szczęśliwicach. Tabor w liczbie 40 wagonów: 20 silnikowych i 20 doczepnych zbudowany został specjalnie dla EKD w angielskich zakładach English Electric Company Ltd Car Works w Preston. Prędkość konstrukcyjna pojedynczego próżnego wagonu wynosiła 82 km/h i przyjęta została jako maksymalna dopuszczalna. W praktyce pojedynczy wagon z pasażerami rozwijał prędkość do 70 km/h, w składzie z jednym wagonem doczepnym 64 km/h, zaś z dwoma tylko 60 km/h. Do takich prędkości dostosowane były tory EKD, które dopuszczały na terenie miasta maksymalnie 40 km/h i poza miastem 60 km/h.
Sterowanie ruchem pociągów od granic Warszawy do Podkowy Leśnej zapewniła zastosowana po raz pierwszy w kraju automatyczna sygnalizacja świetlna – nie wprowadzona dotąd nawet na PKP, którą dostarczono ze Szwecji. Na ww. odcinku semafory odstępowe funkcjonujące w ramach dwustawnej samoczynnej blokady liniowej rozmieszczono co 1-2,4 km, dzięki czemu możliwe było wyprawianie pociągów w przedziałach 2-3 minut. Na przejazdach zainstalowano elektryczną automatyczną sygnalizację świetlną i dźwiękową (sygnalizacja dźwiękowa funkcjonowała do początku lat 70. XX wieku) oraz własną zautomatyzowaną linię i centralę telefoniczną systemu Ericsson. Na terenie Warszawy ruch odbywał się według zasad typowych dla trakcji tramwajowej – na widoczność (przy prędkości ograniczonej do 40 km/h).
Wśród nowości technicznych zastosowanych przy budowie, a następnie w późniejszej eksploatacji wymienić należy m.in. pierwszy w Polsce most o konstrukcji ramowej – zrealizowany na rzecze Utracie pod Pruszkowem. Ponadto w prasie podkreślano, że nowa kolej elektryczna miała być pierwszą w kraju arterią komunikacyjną zorganizowaną według najnowszych wzorów zachodnioeuropejskich.
