Warszawska Kolej Dojazdowa to ekologiczna kolej, która nie emituje toksycznych substancji do atmosfery.
W trosce o środowisko naturalne WKD w coraz większym stopniu korzysta z rozwiązań i technologii opartych na odnawialnych źródłach energii oraz angażuje się w inicjatywy, które zwracają uwagę na potrzebę zmiany przyzwyczajeń i zachowań, żeby zahamować negatywne zmiany klimatyczne.

Eksploatowane przez WKD elektryczne zespoły trakcyjne serii EN95, EN97 i EN100 to nowoczesny, spełniający wszystkie normy tabor, który gwarantuje pasażerom najwyższy komfort podróżowania i w przeciwieństwie do transportu samochodowego jest ekologiczny. Negatywne oddziaływanie WuKaDki na środowisko naturalne sprowadza się głównie do emisji hałasu, drgań oraz zajmowania terenu.

Dzięki prowadzonym sukcesywnie na przestrzeni ostatnich lat działaniom na rzecz modernizacji infrastruktury i wymiany taboru, WKD rozwija się i tworzy bezpieczne oraz przyjazne środowisku naturalnemu warunki podróżowania. Jednym z takich realizowanych projektów jest budowa drugiego toru na odcinku od Podkowy Leśnej do Grodziska Mazowieckiego. Inwestycja ta wiąże się co prawda z wycinką drzew, ale jednocześnie przyczyni się do poprawy jakości powietrza dzięki rezygnacji części osób z transportu indywidualnego na rzecz przejazdów pociągami WKD. Kolejnym działaniem, które zachęci kierowców do przesiadki do pociągów jest budowana wspólnie z gminami sieć nowoczesnych parkingów P&R, które pozwalają na pozostawienie pojazdów w dogodnej lokalizacji i dalszą podróż ekologicznym środkiem transportu, jakim jest WuKaDka.

Podróżni WuKaDki dostrzegają zmiany klimatyczne w swoim najbliższym otoczeniu dlatego Spółka dba o zachowanie walorów krajobrazowych i przyrodniczych terenów przez które przebiega linia kolejowa WKD. Warszawska Kolej Dojazdowa inwestuje w technologie bardziej przyjazne środowisku naturalnemu, np. fotowoltaikę. W celu ograniczenia korzystania z dostaw energii elektrycznej wytwarzanej z węgla, podjęta została współpraca z dostawcami energii elektrycznej wytwarzanej z odnawialnych źródeł (słońce, wiatr). Ponadto w trosce o środowisko naturalne wymienione zostały automaty biletowe na takie, w których zastosowano technologie pozwalające na zmniejszenie zużycia energii. WuKaDka bierze również udział w wydarzeniach zwracających uwagę na kształtowanie proekologicznych postaw, np. „Dzień bez samochodu” czy „Światowy Dzień Ziemi”.